Die Orgel ist, der damaligen Geschmackrichtung folgend, der sogenannten «Elsässer Orgelreform» verpflichtet und eignet sich sowohl für die neuere Literatur des 19. und 20. Jahrhunderts als auch für diejenige der Barockzeit. Heute ist die Orgel in Guthirt eines der wenigen Instrumente, die in diesem historischen Zustand erhalten sind. Im Rahmen der Kirchenrenovation 2018 bis 2019 und der damit verbundenen Orgel-Revision wurde dieser historischen Anlage des Instrumentes sorgfältig Rechnung getragen.
Die Orgel, gespielt von den beiden Organisten Michael Meyer und Peter Baumann, erklingt in den Gottesdiensten und auch regelmässig in Konzerten. Insbesondere finden in der Guthirtkirche jeweils Emporenkonzerte anschliessend an die Sonntagsmesse um 11 Uhr statt. Nächste «Offene Empore»: Sonntag, 24. November und Sonntag, 1. Dezember.